Cet article porte sur l’identification de système multivariable par une représentation d’état non entière. La difficulté réside dans le fait que le modèle est à temps continu. L’utilisation de deux filtres (de types passe-bas et passe-tout non entiers) est proposée afin de contourner le problème de l’estimation des dérivées non entières des signaux entrée-sortie. Le problème se rapporte alors à celui rencontré classiquement dans un contexte à temps discret. L’estimation des matrices de la représentation d’état est effectuée par une méthode des sous-espaces considérant comme variable instrumentale les signaux entrée-sortie filtrés temporellement décalés. L’estimation de l’ordre commensurable de la représentation d’état non entière est réalisée par une méthode d’optimisation non linéaire. Les propriétés statistiques des estimateurs proposés sont illustrées par des exemples de simulation.